ستُقام بطولة كرة القدم الإفريقية للمدارس، مثلما حدث في النسخ السابقة، على ثلاث مراحل، وهي: المرحلة الوطنية (تستضيفها الاتحادات الأعضاء)، مرحلة المناطق (تستضيفها اتحادات مناطق الاتحاد الإفريقي لكرة القدم)، والمرحلة القارية التي تتم بالشراكة بين "كاف" واتحاد المنطقة الذي يتم اختياره والاتحاد العضو.
ستستمر المرحلة الوطنية من البطولة لموسم 2024/2025، حتى 1 أكتوبر 2024 لتتماشى مع الرزنامة المدرسية المختلفة في إفريقيا.
بعد التأهل من المرحلة الوطنية، ستنتقل الفرق المشاركة إلى مرحلة المناطق، التي ستجرى ما بين شهري، نوفمبر وديسمبر 2024، عبر جميع اتحادات المناطق الستة في "كاف".
المرحلة القارية، والتي تعد النهائي الكبير لبطولة كرة القدم الإفريقية للمدارس، ستُجرى بين شهري، أبريل ومايو 2025، أين سيتم التعرف على بطل النسخة الثالثة من هذه المسابقة الابتكارية لكرة القدم الشبابية.
حققت بطولة كرة القدم الإفريقية للمدارس - الأولى من نوعها في كرة القدم العالمية – نجاحا كبيرا كأبرز منافسة لكرة القدم الشبابية في إفريقيا، بفضل مبادرة ورؤية، الدكتور باتريس موتسيبي، رئيس الاتحاد الإفريقي لكرة القدم "كاف"، الذي يستمر في دعم وتحقيق رؤيته لجعل كرة القدم الإفريقية تنافسية عالميًا ومحققة الاكتفاء الذاتي.
ستعلن "كاف" قريبا، بعد فتح باب التسجيل بشكل رسمي، عن ميزات جديدة ومثيرة لموسم جديد من البطولة، التي ستبني على نجاحها في استخدام قوة كرة القدم لإنتاج وتنمية قادة أفارقة مستقبليين.